Sinüzit ameliyatý ilaç tedavisiyle bir sonuç alýnamayan ya da komplikasyon geliþmiþ sinüzitlerde yapýlýr. Endoskopik sinüs cerrahisi eski yöntemlere göre çok daha konforlu ve sonuç veren bir cerrahi giriþimdir. Bu nedenle fonksiyonel endoskopik sinüs cerrahisi adýný almýþtýr. Ameliyat öncesi mutlaka sinüs tomografisi çektirilir. Genel anestezi altýnda hastalýðýn yaygýnlýðýna göre yaklaþýk 1-1,5 saat süren bir iþlemdir. Doðuþtan gelen anatomik bozukluklar da bu cerrahi sýrasýnda düzeltilebilir. Ameliyatýn felsefesi sinüslerin buruna açýlan kanallarýný çalýþýr bir duruma getirmektir, bu nedenle kanallarý geniþletilmesi yeterli olur. Ameliyat sonunda ek iþlem yapýlmadýysa buruna herhangi bir tampon koymak gerekmez, birkaç saatliðine gevþek bir pamuk konabilir. Ek iþlemden kasýt sinüzite zemin hazýrlayan burun kemiði eðriliði(septum deviasyonu), burunda et þiþmesi (konka), burunda polip geliþmesi gibi etkenlerin temizlenmesi ya da düzeltilmesi olabilir. Uygun vakalarda balon sinüs (balon sinoplasti) teknolojisi kullanýlabilir. Bu iþlemda kanallarýn geniþletilmesi iþlemi parça çýkarýlarak deðil balonun þiþirilerek  kanalýn geniþletilmesi þeklinde yapýlýr. Çocuklarda sinüsler tam geliþmemiþ olduðundan direkt sinüse bir müdahale tercih edilmez. Sýnýrlý (minimal invaziv) cerrahi uygulanýr. Geniz etinin alýnmasý çoðu kez sinüziti de tedavi eder.