Clostridium Difficile, gram pozitif anaerobik bir basil olup, spor oluþturabilir. Ýki tane egzotoksin üretmektedir. Bunlar toksin A ve toksin B dir.  Bu toksinler, kalýn barsak mukozasýna zarar verir.  Sonuçta etkilenen hastalarda ishale neden olur. Antibiyotik kullanýmý sonrasýnda oluþan ishallerin ile 15 ila 20 beþinden CDI toksini ve enfeksiyonu sorunludur. Son 8- 12 hafta içerisinde antibiyotik alan,  65 yaþýn üzerinde olan ve 24 saat içerisinde üç veya daha fazla ishal çýkýþý olan hastalarda CDI enfeksiyonu þüphelenmelidir.  Antibiyotik alan hastalarýn birçoðunda, CDI herhangi bir yakýnma yapmadan kolonize olabileceðinden dolayý sadece ishali olan vakalarda  testler yapýlmalýdýr.

Son zamanlarda toksijenik kültür ve doku toksin ölçümü birlikte kullanýlmasý daha çok tercih edilen bir metot olmuþtur ve yeni altýn standart budur. Ancak, toksijenik kültür metodu laboratuvara aþýrý bir yük yüklediði gibi geri dönüþüm zamaný da yavaþtýr. Bununla birlikte duyarlýlýk ve özgünlüðü  toksijenik kültüre yakýn olan yeni metotlar da vardýr. Bu yeni metot polimeraz zincir reaksiyonudur (PCR). Toksin üreten CDI için yapýlan PCR oldukça duyarlý ve özgüldür. Hatta bu iki basamaklý olarak yapýlabilir. Þöyleki , Duyarlýlýðý yüksek olan, fakat, daha az özgül olan EIA  ile burda  pozitif olan dýþký örneklerini PCR ile test etmek þeklinde iki aþamalý olarak test tamamlanýr.

Burada dikkatli olunmasý gereken þey duyarlýlýðý ve özgüllüðü yüksek olan testleri kullanýlýrken, sadece ishali olan vakalarda kullanmak gerekir. Yoksa normal CDÝ kolonizasyonu olan hastalarda yalancý pozitifliðe rastlanacaktýr. Þu anki bilgilere göre yakýnmasý olmayan hastalarý CDI açýsýndan tarama testi yapmaya veya izole etmeye gerek  görülmemektedir. Ayrýca, CDI ishalinden tedavi olup iyileþen hastalarda tekrar test yapmak önerilmemektedir.  Zira hastalar iyileþsede bir süre daha kolonizasyon devam edebilmektedir. Burada dikkat edilecek olan ishalin devam edip etmediðidir. Ýshal geçtiyse tekrar test yapmaya gerek yoktur.