Moksifloksasin ile ilaç etkileşme çalışmaları yapılmamış olmakla birlikte, oral moksifloksasin ile topikal oküler dozun çok fazla üzerindeki dozlarda sistemik çalışmalar yapılmıştır. Diğer bazı florokinolonlardan farklı olarak, sistemik moksifloksasin ile itrakonazol, teofilin, varfarin, digoksin, oral kontraseptifler, probenisid, ranitidin veya gliburid arasında klinik açıdan anlamlı bir ilaç etkileşimi gözlenmemiştir.

in vitro çalışmalar moksifloksasinin CYP3A4, CYP2D6, CYP2C9, CYP2C19 veya CYPlA2’yi inhibe etmediğini göstermiştir ki, bu durumda moksifloksasinin bu sitokrom 450 izozimleri ile metabolize olan ilaçların farmakokinetiklerini değiştirmesi beklenmez.