MR nefrotoksik kontrast ajan kullanmadan yüksek rezolüsyonlu görüntüler elde etmek için başarılıdır. MR ın hepatosellüler karsinomada duyarlılığı helikal tomografi kadar yüksektir. MR da  hcc T2 ağırlıklı görüntülerde yüksek yoğunluk paterni gösterir, T1 ağırlıklı imajlarda ise düşük yoğunluk paterni gösterir. Siroz hastalarında rejeneratif nodüllerle hcc nodüllerini ayırmak gerektiği durumlarda, MR, ultrason ve tomografiye üstündür. Sistematik bir derlemede yapılan çalışmada referans standard olarak rezekte edilmiş karaciğerler alınmış ve bu çalışmada MR ın duyarlılığı %81 özgünlüğü ise %85 olarak bulunmuştur. 

Gadolinium gibi bazı MR kontrast ajanlar böbrek yetmezliği olan hastalarda nefrojenik sistemik fibroz / nefrojenik fibroze edici  dermatopatiye yol açabilir. Bu nedenle alternatif kontrast maddeleri kullanılmalı veya başka metotlar denenmelidir. 

Yeni bir metot olan MR anjiyografi tek nefes tutmada arteryal, portal venöz ve geç venöz fazları çekebilmektedir. Bu teknikle ilgili yapılan bir çalışmada 10 mm ve üzeri hcc nodüllere %76ya karşı %61 oranında daha duyarlı bir şekilde tespit edilmiştir.

Öte yandan MR ın yüksek maliyet nedeniyle birçok radyolog tarafından helikal tomografi halen favoridir. MR anjiyonun yeri hala araştırma safhasındadır. MR kontrast maddeye allerjisi olan  ve böbrek yetersizliği olan kişilerde faydalı olabilir. Öte yandan tomografi sonuçları anlaşılmaz olan yol gösterici olmayan vakalarda yine MR faydalı olabilir. MR aşırı derecede nodüller olan karaciğerlerde displastik nodülleri hcc den ayırabildiği için faydalı olacaktır. Aynı şekilde MR karaciğerdeki hemanjiyom gibi vasküler lezyonları ayırmada ve lokal yağlanmayı hepatosellüler karsinomdan ayırmada tomografiye üstündür.