İmmünoterapi için önerilen doz 4 flakon (109 CFU, 120 mg)’dur. Bu doz kesinlikle aşılmamalıdır. Mesanenin yüzeyel tümörlerinin intravezikal tedavisi veya nükslerin önlenmesi amacıyla biyopsiden veya uygulandıysa transüretral rezeksiyondan 7-14 gün sonra tedaviye başlanmalıdır. Haftada bir uygulama yapılmak üzere 6 instilasyon uygulanır. 4 flakon içeriği, 50 ml, steril, koruyucu içermeyen serum fizyolojik ile süspansiyon haline getirilir. Yaklaşık olarak 2-3 ml steril salin flakona ilave edilir. Enjektör veya infüzyon aracı içine alınmadan önce flakonlardan her birinin dikkatli bir şekilde birkaç defa ters çevrilmesi ve sonra yavaşça girdap gibi döndürülerek çalkalanması (HIZLI BİR ŞEKİLDE ÇALKALAMAYINIZ) gerekir. Enjektörün pistonu YAVAŞ bir şekilde geri çekilmek suretiyle canlı BCG kültürü tamamen süspansiyon haline getirilir. Flakon içindekiler 50 ml’lik bir enjektöre alınır. Flakon 2, 3 ve 4 için de bunlar tekrar edilir. Sonra toplam hacim 50 ml oluncaya kadar steril salin ilave edilir. Sonuç olarak oluşan süspansiyon homojen ve biraz mat olmalıdır. 

Bir üretral kateter aseptik koşullarda mesane içine sokulduktan ve idrar boşaltıldıktan sonra süspansiyon yavaş yavaş ve dikkatlice mesane içine instile edilir. Kateter daha sonra dikkatli bir şekilde geri çekilir ve instilasyonu izleyen bir saat içinde hasta her biri 15’er dakika olmak üzere yüzüstü, sırtüstü, sağ yan ve sol yan pozisyonlarda yatırılır. Daha sonra hastanın ayağa kalkmasına izin verilir ancak hasta 2 saat süreyle ilacı mesanesinde tutmalıdır. 2 saat sonunda hastalar idrarlarını oturur pozisyonda ve tedbiren kapalı bir kap içine yaparlar. Uygulamayı takiben ilk 6 saatlik idrar her seferinde eşit hacimdeki hipoklorit solüsyonu (çamaşır suyu) ile dezenfekte edilmeli ve idrar kabı bol suyla yıkanmadan önce 15 dakika süreyle bu şekilde bekletilmelidir. Tedaviden optimum sonuç alabilmek için gerekli olan instilasyon sayısı bilinmemektedir. Ancak yaklaşık 6-12 instilasyon sonunda hastaların çoğunda cevap alınabilmektedir.