Podofilm’in topikal kullanımı sonrası, nadir de olsa, ürtiker, geçici ateş, parestezi, polinevrit, paralitik ileus, lökopeni, trombositepeni, koma ve ölüm rapor edilmiştir. Lokal etkiler arasında anogenital alanda şiddetli nekroz ve skar, sünnete ihtiyaç duyan parafimozis ve psödoepiteliomatöz hiperpiazi gelişebilir. 

Podofilmin güçlü bir vesikan olduğu için normal cilt veya mukoza bölgeleri ile temas ederse blisterler oluşabilir. Deri üzerine dökülürse, hemen yıkayıp alkol, aseton veya kaldırıcı band kullanarak bölgeden ilacın uzaklaşmasını sağlamak gerekir. Ilık sabunlu su ile iyice yıkanıp durulanması gerekir. Müköz membranlara ve göze temas ederse, su ile hemen yıkanır. Presipite olmuş film kaldırılıp, yeniden 15 dakika boyunca su ile yıkanır. 

Hastalar Podofilme değişik düzeylerde hassas olabilirler. Nadir vakalarda sızlama, yanma ve aşırı hassasiyet gelişebilir. Bu hastalarda uygulanmış olan bant hemen kaldırılmalı ve 10-15 dakika boyunca soğuk su ile yıkanmalıdır. Eğer rahatsızlık hissi devam ederse, steril teknikleri kullanarak blisteri açın, antiseptik uygulayın ve steril bandaj ile kapatın. Hastanın hassasiyeti bilinmediği ilk tedavi seansında, 1 veya 2 siğilin tedavisi önerilir.