Polimisin; genellikle deri dokusu tarafından iyi tolere edilir. Hipersensiviteye bağlı allerjik reaksiyonlar nadirdir.
Eğer şiddetli reaksiyonlar görülürse tedaviyi kesmek ve uygun tedbirler almak gerekir. Açık yaralara tatbik edildiğinde hafif bir yanma veya batma hissi müşahade edilebilir. Bu his şiddetlendiği takdirde tedaviye son vermek gerekir.