Polimisin göz merhemi yalnız lokal olarak tatbik edilmelidir. Doktor tarafından başka şekilde kullanılması önerilmemişse, merhem günde 2-4 defa hastalıklı gözün alt göz kapağının serbest ucuna, göz kapağı boyunca sürülerek uygulanır. Tedaviye tam şifa oluncaya kadar devam edilmelidir. Trahom tedavisinde Polimisin, günde 

2-4 defa 4-6 hafta müddetle her iki göze de uygulanmalıdır. Açılmış göz pomadı 2 hafta içerisinde kullanılmalıdır.