Antasitlerle birlikte kullanımında etkileşme görülmemiştir.

H. pylori eradikasyonu için kombinasyon oluşturulan klaritromisin, amoksisilin ve metronidazol ile klinik bir etkileşme gözlenmemiştir. Ketokonazol, ampisilin esterleri ve demir tuzlarının emilimleri midenin asidik pH’sında daha iyi olduğu için pantoprazol ile aynı anda kullanımları bu ilaçların biyoyararlanımlarını olumsuz olarak etkileyebilir.