(Hekim tarafından başka şekilde tavsiye edilmediği takdirde) Erişkinler ve çocuklarda normal günlük doz 2.5 mg/kg’dır. Ancak, uygulamanın dozu ve süresi Puri-nethol ile birlikte verilen diğer sitotoksik ilaçların türleri ve dozlarına bağımlıdır. Doz her hastaya özel şekilde, dikkatle ayarlanmalıdır. Puri-nethol akut lösemide çeşitli kombinasyon tedavi şemalarında kullanılmıştır ve ayrıntılar için bu konudaki yayınlara başvurulmalıdır. Karaciğer ve/veya böbrek fonksiyon yetmezliği bulunan hastalarda dozun azaltılması düşünülmelidir. Allopurinol ile aynı zamanda uygulandığında 6-merkaptopürinin normal dozunun sadece dörtte birinin verilmesi gerekir; çünkü allopurinol, merkaptopürinin katabolizma hızını azaltır. 

6-merkaptopürinin aşırı yüksek dozları alındığı zaman agresif önlemlerin gerekmediği düşünülür. Başlıca toksik etki kemik iliği üzerinedir ve hematolojik toksisitenin, Puri-nethol’un tek bir oral dozundan çok, devamlı aşırı yüksek dozları ile daha fazla olduğu görülür. Aşırı yüksek doz riski aynı zamanda Puri-nethol ile birlikte allopurinol verildiğinde de yükselir. Bilinen bir antidot bulunmadığından kan tablosu dikkatle izlenmeli ve gerektiğinde uygun kan transfüzyonlarıyla birlikte genel destekleyici önlemler alınmalıdır.