Allopurinol 6-merkaptopürinin katabolizma hızını azalttığından, birlikte uygulandıklarında, 6-merkaptopürinin normal dozunun sadece dörtte birinin verilmesi şarttır. 6-merkaptopürin ile birlikte verilince varfarinin antikoagülan etkisinin engellendiği kaydedilmiştir.